Ihren Ursprung hatte die Börse in München im Jahr 1830. In diesem Jahr wurde von der Münchener Kaufmannstube der Handel mit Wertpapieren aufgenommen und geregelt. Der Münchener Handelsverein e.V. wurde im März 1869 von unabhängigen Kaufleuten gegründet und wurde zum selbst verwalteten Träger der Münchener Börse. Somit wurde ein öffentlich-rechtlicher Betrieb sichergestellt.
Zunächst hatte die Börse ihren Sitz in der Theatinerstraße, den man aus Platzgründen aber im Jahr 1901 auf den Maximilianplatz verlegte. Dort befindet sich jetzt die Industrie- und Handelskammer München.
Die Börse blieb in der Zeit des ersten Weltkrieges geschlossen, unterbrach den Betrieb im zweiten Weltkrieg allerdings nur in der Zeit vom 27. April bis zum 10. August 1945. Von 1963 bis 2007 hatte die Münchener Börse ihren Sitz am Lenbachplatz und wurde im Jahr 2000 zur AG umorganisiert. Seit 2009 hat sie ihren Sitz in der Hutschenreuther Villa am Karolinenplatz.